Химические вещества, широко применяемые на разных этапах производства П. п., могут присутствовать в конечном продукте в неизмененном или резко трансформированном виде. В зависимости от того, на каком этапе химические вещества попадают в П. п., их можно разделить на три группы. Химические вещества первой группы проходят все звенья пищевой цепи, поскольку вносятся в почву, переходят в растения, далее — в организм животных и, наконец, с продуктами питания животного происхождения поступают в организм человека. В эту группу входят азотные, фосфорные, калийные минеральные удобрения; составные части антиэрозийных средств для почвы, такие как фенолы; в остаточных количествах тяжелые металлы, нитраты, сульфаты, органические соединения, имеющиеся в используемых в качестве удобрения сточных водах; токсические металлы (например, кадмий), входящие в состав минеральных удобрений. Химические вещества второй группы минуют первоначальное звено (почву) и поступают в корма в результате обработки растений стимуляторами роста, например хлорхолинхлоридом, ядохимикатами: с кормами в организм с.-х. животных поступают химические консерванты, используемые для сохранения кормов, и остаточные количества углеводородов нефти, применяемые для выращивания белковых кормовых компонентов. В третью группу входят химические вещества, используемые при выращивании животных и птиц и вводимые им перорально или парентерально. К ним можно отнести гормональные и другие стимуляторы роста животных, лекарственные препараты.
Внесение в почву чрезмерного количества минеральных удобрений отрицательно влияет на П. п., так как, во-первых, нередко приводит к неблагоприятному изменению содержания пищевых веществ и, во-вторых, к накоплению в продуктах соединений, оказывающих токсическое воздействие на организм человека.
Из нежелательных соединений, накапливаемых в продуктах растительного происхождения при применении повышенного количества азотных удобрений, значительную опасность представляют нитраты из-за возможности превращения их в нитриты под влиянием жизнедеятельности бактерий, особенно при неправильных хранении и обработке овощей. При загрязнении овощных соков бактериями концентрация нитритов увеличивается более чем в 100 раз.
Использование антибиотиков при откорме мясных животных и птицы приводит к изменению пищевой ценности мяса в связи с нежелательным накоплением в нем жира, в ряде случаев — к изменению органолептических свойств продуктов, а также к нарушению технологических процессов при производстве пищевых продуктов из молока и мяса, протекающих в условиях ферментации с участием специфических бактерий. При потреблении продуктов питания, содержащих остаточное количество антибиотиков или их дериватов, возможно развитие аллергической реакции. Кроме того, содержащиеся в П. п. антибиотики, изменяя свойства некоторых патогенных микроорганизмов, затрудняют своевременную диагностику опасных заболеваний ( сибирской язвы ,сальмонеллеза). Применение антибиотиков при выращивании мясного скота приводит к увеличению доли резистентных форм микроорганизмов в окружающей среде.
Стимуляторы роста с.-х. животных гормонального действия, особенно синтетические нестероидные соединения типа диэтилстильбэстрола, не разрушаются в организме животных, и их остаточное количество длительно сохраняется в мясных продуктах. При использовании диэтилстильбэстрола для откорма животных в мясе увеличивается содержание влаги и жира. В большинстве стран мира диэтилстильбэстрол не применяется в животноводстве из-за его канцерогенных свойств.
Лекарственные вещества, помимо антибиотиков и гормонов, применяемые для лечения маститов, желудочно-кишечных, кожных и других заболеваний животных, переходят в молоко, изменяют его технологические и органолептические показатели, могут накапливаться в съедобных для человека органах и тканях животных. Поэтому полученные во время лечения животных продукты питания в торговой сети не реализуются. Молоко идет на корм молодняка с.-х. животных, мясо скармливается пушным зверям.